本センターは、神戸薬科大学ハイテク・リサーチ・センター整備事業で掲げられた3つの大型研究開発プロジェクトを遂行するための中核拠点として、2000年（平成12年）に建設されました。校地北斜面の旧寮跡地に位置し2900平方メートルを超える広大な施設には、中央エントランスおよび階段部分を挟んで地上6階東側建物に製剤学、薬品物理化学、機能性分子化学、薬剤学、臨床薬学、病態生化学などの専門分野の実験室が余裕を持ったスペースで各階に配置され、地上4階西側建物には分子構造解析室、製剤設計解析室、生命科学実験室、会議室などの共同利用施設が設置されています。この施設には、LC・固体NMR装置、FT-ラマン顕微システム、薬剤情報データベースサーバーシステム、遺伝子導入・動態解析システムなど最先端の研究装置が設置されており、常時、40人を超える研究スタッフと多数の大学院学生が研究活動を行い、その成果を発表・討議するための研究会・学術集会にも利用されています。