菅原は、京都大学薬学部の学部と大学院（生物化学教室・山科郁男教授）で糖タンパク質(Glycoprotein)の研究を行い、博士課程修了後、１９７６年７月、アメリカ・シカゴ大学小児科の生化学教室(Albert Dorfman教授、Nancy Schwartz助教授)に留学し、６年間、ヒアルロン酸の生合成、コンドロイチン硫酸の生合成における硫酸化、代謝病(活性硫酸の遺伝的欠損マウスであるbrachymorphic mouse)、プロテオグリカンの構造の研究を行った。１９８１年４月に帰国して、京都大学薬学部生物化学教室（山科郁男教授）の助手に採用され、培養癌細胞におけるグリコサミノグリカンの低硫酸化の研究、コンドロイチン硫酸の硫酸化に関わる硫酸基転移酵素の研究、留学中に発見したプロテオグリカンの糖とタンパク質の結合領域の硫酸化の研究を続けていたが、１９９０年４月に本学に赴任し、それらの研究を発展させる機会を得た。

１９９１年(平成３年)４月に、山田修平が京都大学薬学部・大学院修士課程（川嵜敏祐教授）を修了して、助手として赴任した。１９９２年(平成４年)３月、武蔵教授が退官された。１９９４年(平成６年)４月には、京都大学薬学部・大学院博士課程（山科郁男教授）修了後アメリカのCytel社（Dr.James Paulson）へ留学し、シアル酸転移酵素の分子クローニングと遺伝子解析に従事していた北川裕之が３年間の留学を終え、講師として赴任した。１９９５年(平成７年)７月には、山田修平が「硫酸化グリコサミノグリカンの微細修飾構造の解析」の研究で京都大学から博士号を取得した。また、本学・当研究室出身の津田博美（'92.4〜'96.3）と木下亜希子（'96.4〜'98.12）がそれぞれ助手を務めた。２０００年(平成１２年)４月に、三上雅久が京都大学大学院薬学研究科・博士後期過程（伊藤信行教授）２年次修了の時点で助手として赴任し、現在の職員の人員構成となった。２００１年(平成１３年)１０月から２００３年１月の間、山田修平がスウェーデン王国ウプサラ大学バイオメディカルセンター(Ulf Lindahl教授)へ留学した。２００２年(平成１４年)７月には、三上雅久が「糖転移酵素と構造類似性を示すシグナル分子、Fringe、の発現とその作用機能に関する研究」で京都大学から博士号を取得した。 １９９１年から２００２年の間、毎年約１０名の卒業研究の学部学生を収容し、これまでに３４名の大学院修士課程の修了生と２名の博士課程の修了生を送り出している。また、最近では韓国、インド、中国からのポストドクターやタイ国の大学院生を加え、国際的な活動を展開している。